> Вот только цена у них разная.

Я предполагаю, что в относительно простых случаях первоначальная разработка SSIS package может быть и ниже, чем у полноценного C#+SQL application, но стоимость поддержки SSIS package, вероятно, гораздо выше, чем стоимость поддержки C#+SQL application.
Нужно же как-то за всеми этими разбросанными package следить. Как-то убеждаться, что изменения ничего не поломали.
Если нормального code review изменений нет, авто-тестов нет, то куча багов обнаружатся уже только в production. Что очень, очень дорого обходится.

Теперь я лучше понимаю, почему некоторые из моих партнёров по интеграции XML feeds (на противоположной стороне) так мучаются.